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首先酶底物法檢測時間比較為1天,多傳統水質檢測方法則為3-5天，從時間上來說，酶底物法更省時而且酶底物法的檢測范圍是1-2419.6MPN/100ml。傳統水質檢測方法則是2-1600MPN/100ml。

其次是酶底物法的對環境沒有特殊的要求，傳統水質檢測方法要求清潔的實驗室而且酶底物法對于操作人員進行簡單的培訓后，即可操作,傳統水質檢測方法要對實驗人員有的基礎知識。

再者就是酶底物法與傳統水質檢測方法在定量標準上都是以MPN表為準。而酶底物法在定量方法上采用51或者97孔定量盤即可，而傳統水質檢測方法是要15管。

所以從時間，環境要求，定量方法來看酶底物法檢測都更非常的簡單。